Великолепная церковь по образу позднего итальянского барокко была построена, как придворная церковь династии князей Виттельсбахов (в усыпальнице погребены 49 представителей этой династии), правящей в Баварии. Строилась церковь во исполнение обета, данного Генриеттой Аделаидой Савойской - супругой курфюрста Фердинанда Марии, за рождение наследника Баварского княжества - Максимилиана II Эмануэля. Приглашенный итальянский архитектор Агостино Барелли спроектировал и приступил к строительству церкви в 1663 году, но успел возвести только стены и покинул Мюнхен, так как между ним и орденом театинцев, которому была подарена церковь, возник серьёзный конфликт. Продолжил же работы по отделке фасада и убранству церкви архитектор Энрико Цукалли. В 1675 году церковь, названную в честь святого Каэтана, освятили, но закончили строительство только в 1770 году, когда Джованни Антонио Васкарди завершил богатый, в стиле барокко, интерьер церкви.